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IDENTIFICACIÓN MEDIANTE HUELLA DE MASAS PEPTÍDICAS(PMF)

 

    Se realiza a partir de proteínas purificadas, tanto en disolución, como en gel de poliacrilamida.      

El procedimiento estándar incluye:
-   Recorte automatizado de la banda o mancha (spot) de la proteína, y su posterior destinción y lavado  (si se parte de proteínas separadas en geles de SDS-PAGE 2D o 1D).
-    Proceso de reducción y carbamidometilación de las proteínas.
-   Digestión enzimática de las proteínas con tripsina.
-   Análisis de los péptidos con un  espectrómetro de masas MALDI-TOF. Obtención de huella de masas peptídicas.
-   Búsqueda en bases de datos e identificación de la proteína.

    En una identificación de proteínas, la cobertura típica de secuencia depende tanto de la cantidad de proteína presente como de la naturaleza de esta. Para proteínas abundantes la cobertura puede ser del 70-80 %, mientras que las proteínas poco abundantes o de pequeño tamaño pueden ser identificadas con 2 -4 péptidos.

    Debe tenerse en cuenta que las proteínas de bajo peso molecular (<20kDa) pueden resultar difíciles de identificar debido al bajo número de péptidos que genera su digestión enzimática.


    Para más información, consultar en Guía del Usuario.