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La Unidad de Proteómica del IPBLN dispone actualmente de la siguiente instrumentación:
La Unidad de Proteómica del IPBLN dispone actualmente de la siguiente instrumentación:
1.- Voyager DE-PRO de Applied Biosystems
Espectrómetro de masas consistente en una fuente de ionización MALDI (Matrix Assisted Laser Desorption Ionization) y un analizador de masas de tiempo de vuelo (TOF). El sistema MALDI-TOF permite la identificación de proteínas mediante el análisis de las masas de los péptidos generados por digestión enzimática de las proteínas (PMF). Asimismo, permite la determinación de las masas moleculares de proteínas y otros polímeros.
2.- EXQuest Spot Cutter de Bio-Rad
Esta plataforma robótica permite realizar de forma automatizada, la escisión o picado de manchas o bandas de proteínas separadas en geles de poliacrilamida (1 y 2-D), y su transferencia a microplacas para su posterior análisis. El sistema picador obtiene previamente, imágenes de los geles que han sido teñidos, tanto con tinciones visibles (Azul Coomassie, Plata), como con tinciones fluorescentes (Sypro Ruby, Flamingo). Igualmente, permite el recorte de proteínas transferidas a membranas.
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3.- DigestPro MS, de Intavis AG
Este robot permite realizar, bajo condiciones controladas y reproducibles, los procesos de fragmentación enzimática de proteínas, así como la preparación de las muestras en las placas del espectrómetro de masas para su posterior análisis.
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4.- Typhoon 9400, de GE Healthcare, y programas informáticos de análisis de imagen
Este escáner es capaz de obtener imágenes de geles, membranas, microplacas y placas TLC teñidos con una amplia gama de marcadores fluorescentes. Está especialmente diseñado para la detección de los fluorocromos Cy2, Cy3 y Cy5 utilizados en la tecnología de expresión diferencial en gel (DIGE). Igualmente, se pueden obtener imágenes tantoa partir de placas de fosforescencia (storage phosphor screen) como a partir de muestras quimioluminiscentes.
El Servicio, además, dispone de los softwares de análisis ImageQuant TL, ImageMaster 2D Platinum y Decyder™ 2D (Batch, DIA, BVA y XML).
5.- PDQuest™ Basic y Advanced 8.0 de Bio-Rad
Programa de análisis de imágenes obtenidas a partir del escaneado de geles mono- y bidimensionales de proteínas. El Servicio dispone de una licencia de este programa que permite trabajar con él en red, hasta 2 usuarios de forma simultánea.
6.- Equipo de electroforesis bidimensional de Bio-Rad
Compuesto por:
- 1 unidad de electroisoenfoque Protean IEF Cell, permite la separación de las proteínas en función de su punto isoeléctrico en tiras de 7, 11 17,18 y 24 cm y de diferentes rangos de pH, lineales y no lineales.
- 1 cubeta Criterion Dodeca Cell y 1 unidad PowerPac HC, permiten correr de forma simultánea hasta 12 geles de 13,3 x 8,7 cm que pueden acomodar tiras de 11 cm.
- 1 cubeta de tinción Dodeca Stainer Large, permite realizar la tinción de hasta 12 geles a la vez. Es compatible con Bio-Safe colloidal Coomassie Brilliant Blue G-250 stain, Coomassie Brilliant Blue R-250 stain, SYPRO Ruby, Dodeca silver stain kit (compatible con MS), y el original silver stain kit (no compatible con MS). No es compatible con Silver Stain Plus kit.
- 1 unidad de electroisoenfoque Protean IEF Cell, permite la separación de las proteínas en función de su punto isoeléctrico en tiras de 7, 11 17,18 y 24 cm y de diferentes rangos de pH, lineales y no lineales.
- 1 cubeta Criterion Dodeca Cell y 1 unidad PowerPac HC, permiten correr de forma simultánea hasta 12 geles de 13,3 x 8,7 cm que pueden acomodar tiras de 11 cm.
- 1 cubeta de tinción Dodeca Stainer Large, permite realizar la tinción de hasta 12 geles a la vez. Es compatible con Bio-Safe colloidal Coomassie Brilliant Blue G-250 stain, Coomassie Brilliant Blue R-250 stain, SYPRO Ruby, Dodeca silver stain kit (compatible con MS), y el original silver stain kit (no compatible con MS). No es compatible con Silver Stain Plus kit.
7.- Experion de Bio-Rad
Sistema de electroforesis automatizada, que utiliza la tecnología de chips microfluídicos, para el análisis de proteínas y ácidos nucleicos, realizando todos los pasos de una electroforesis basada en gel (separación, tinción, detección de bandas, obtención de imágenes y cuantificación) en una unidad compacta, en un único paso de 30-40 minutos y con cantidades muy pequeñas de muestra.
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8.- BioOdyssey Calligrapher MiniArrayer de Bio-Rad
Robot de sobremesa diseñado para imprimir proteínas, péptidos, lisados celulares y ácidos nucleicos, en portas, membranas y placas de 96 pocillos. Su precisión le permite efectuar incrementos de movimiento de 1 mm. El equipo tiene una cabeza de impresión provista con 8 puntas y puede imprimir simultaneamente hasta 16 portas, 2 membranas o 2 placas de 96 pocillos, a partir de una placa de muestras. Dispone de un módulo de control de humedad y de diferentes tipos de puntas, para optimizar la impresión según la viscosidad de la muestra y el tamaño de los “spots”.
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